Novi parlament odbio zahtjev državnog tužitelja da se Glavašu ukine novi zastupnički imunitet i omogući nastavak pritvora. Hrvatska će tako biti jedina zemlja u svijetu u čijem će parlamentu sjediti osoba kojoj se istodobno, dok sudjeluje u radu zakonodavnog tijela, sudi za jedno od najtežih kaznenih djela, ratni zločin protiv civilnog stanovništva
Branimir Glavaš koji je prema tvrdnjama njegovih odvjetnika u zatvorskoj bolnici u Zagrebu, do 11. siječnja, 66 dana štrajkao glađu i nalazio se na rubu smrti, deset dana kasnije, u ponedjeljak, 21. siječnja, pojavio se bez ikakvih vidljivih problema na Županijskom sudu u Zagrebu gdje mu je nastavljeno suđenje za ratne zločine. Svi koji su tog dana vidjeli Glavaša, mogli su se uvjeriti kako su dramatične vijesti o njegovu zdravstvenu stanju nakon više od dva mjeseca navodnog potpunog gladovanja, bile ne samo pretjerane, već i posve lažne. A upravo takve vijest - kako je Glavaš na rubu smrti, kako je posve iznuren i odlučan u štrajku glađu izdržati do kraja ne pusti li ga se iz pritvora - bile su glavni razlog što je parlament odbio zahtjev državnog tužitelja da se Glavašu ukine novi zastupnički imunitet i omogući nastavak pritvora.
Hrvatska će tako biti jedina zemlja u svijetu u čijem će parlamentu sjediti osoba kojoj se istodobno, dok sudjeluje u radu zakonodavnog tijela, sudi za jedno od najtežih kaznenih djela, ratni zločin protiv civilnog stanovništva. Na posljednjim parlamentarnim izborima, 25. studenoga prošle godine, Glavaš je ponovno izabran za zastupnika u parlamentu, a prema tumačenju pravnih stručnjaka i mišljenju sudaca Vrhovnog suda, odluka o ukidanju njegova imuniteta, koju je donio prošli saziv Sabora, ne odnosi se na njegov novostečeni imunitet. Tako je, raspravljajući o zahtjevu za skidanje imuniteta Glavašu, novi saziv parlamenta odlučio dopustiti nastavak sudskog procesa protiv Glavaša, ali ne i odobriti zahtjev za njegovim pritvaranjem, pa se Glavaš od 11. siječnja nalazi na slobodi.
Glavaš, koji ima i čin generala Hrvatske vojske, optužen je za zločine protiv srpskih civila u Osijeku 1991., a optužnica ga, zajedno s još šestero bivših pripadnika oružanih snaga, među kojima je i jedna žena, tereti za smrt najmanje 12 osoba. Neke među njima ubijene su na krajnje okrutan način - bile su prisiljene piti sumpornu kiselinu iz automobilskih akumulatora. No, ikako je tužiteljstvo smatralo da bi se s obzirom na težinu kaznenog djela te mogućeg utjecaja na svjedoke Glavaš i dalje trebao nalaziti u pritvoru, parlament je bio drugačijeg mišljenja. Tako će, braneći se sa slobode, Glavaš pravo sa sjednica parlamenta odlaziti na sud, ili pak sa suđenja u parlament, što je jedinstven slučaj u svijetu.
Pod optužnom za ratne zločine Glavaš je u pritvoru bio deset mjeseci, ali je najveći dio tog vremena, više od osam i pol mjeseci, proveo što u Zatvorskoj bolnici u Zagrebu, što u civilnoj u Osijeku. Kakav je režim ondje uživao najbolje svjedoči činjenica da je tokom navodnog liječenja u Osječkoj bolnici, iako se pred vratima njegove sobe nalazila zatvorska straža, bez problema snimao video-spotove za izbornu kampanju njegove stranke. Zbog toga je smijenjen upravitelj Osječkog zatvora, no Glavašu se nije dogodilo ništa.
Glavaš je tokom pritvora u dva navrata štrajkao glađu, tvrdeći kako se radi o politički motiviranom procesu i lažnim optužbama. Iako su prikupljeni dokazi govorili suprotno, te iako je nakon jednogodišnje istrage podignuta optužnica, on je ustrajavao na toj tvrdnji, štrajkajući glađu u znak protesta. Dok se još vodila istraga, prvim štrajkom glađu, uspio se privremeno domoći slobode. Istražni sudac, zbog Glavaševe navodne procesne nepodobnosti, početkom prosinca 2006. prekinuo je istragu i pustio ga na slobodu.
U pritvoru se ponovno našao u travnju prošle godine, ali je najveći dio vremena proveo u Osječkoj bolnici, pod izrazito blagim režimom. Imao je mobilni telefon i laptop, neograničene posjete i mogućnost potpune komunikacije. Kad je prošle jeseni, pred početak suđenja, prebačen u Zatvorsku bolnicu u Zagreb, navodno je ponovno počeo štrajkati glađu. Vijesti o njegovu alarmantnom zdravstvenom stanju, koje su širili njegovi odvjetnici, bez provjere su prenosili pojedini mediji. Glavaš je od optuženika za ratne zločine pretvoren u žrtvu, a apel za njegovim puštanjem iz pritvora potpisali su i neki akademici, te dio hrvatskih biskupa. Sve to stvaralo je pritisak na pravosuđe, ali i na parlament čijom se zaslugom Glavaš ponovno domogao slobode.
Više pravnih stručnjaka, među kojima i bivši predsjednik Vrhovnog suda, Krunislav Olujić smatraju kako je Glavaš štrajkom glađu ucjenjivao hrvatsko pravosuđe. No, ono što je dalekosežnije i opasnije jest, tvrdi Olujić, da je u tome i uspio, te da je iznudama slomio hrvatski pravni sustav. Predsjednik Hrvatskog helsinškog odbora za ljudska prava, dr. Ivo Banac, smatra kako se radi o "grubom miješanju politike u nezavisni rad sudstva", jer je parlament, odlučujući u Glavašu, kao zakonodavno tijelo, izašao iz svojih okvira, zadirući u sferu sudbene vlasti.
Zagreb je zbog takve neobične odluke parlamenta već dobio packe i iz inozemstva. Iz Europske komisije Hrvatskoj je poručeno kako se Bruxelles nada da će u slučaju Glavaš "kao i u svim drugim slučajevima, biti poštovane relevantne procedure, vladavina zakona i razdioba vlasti", te "da će se uzeti u obzir težina zločina" i "osigurati odgovarajuća zaštita svjedoka".
Nema sumnje da je Hrvatska, kojoj zbog stanja u pravosuđu ionako stižu učestale kritike iz Bruxellesa, zbog slučaja Glavaš" još teže otvoriti poglavlje pregovora o pravosuđu, jedno od 36 koliko ih, u sklopu procedure ulaska u Europsku Uniju, Zagreb treba ispuniti.