La situazione media delle acque in Croazia non è molto differente da quella dei paesi che la circondano, e non ci sono condizioni problematiche particolarmente diverse da quelle dell'Italia, della Slovenia o dell'Ungheria. Chiaramente lo stato delle acque risente degli scarichi industriali scarsamente filtrati, ma il danno maggiore in assoluto proviene dai fiumi italiani come il Po o, in misura minore, l'Isonzo, e altri... Le industrie e ancor più l'agricultura della pianura padana si riversano infatti interamente nell'Adriatico, e colpiscono perciò anche le risorse marine croate. Quanto più aumenteranno il controllo e la protezione delle acque ''padane'', tanto più crescerà la qualità delle acque sulla costa croata.
